Бикарбонат может быть выведен в обмен на хлорид-ионы, но гидроксильный ион (протон) может быть обменен на входящий ион натрия (Na⁺). Поскольку ионы H⁺ выводятся, это обеспечивает снижение pH крови, поэтому рыба может регулировать pH через жабры. Таким образом, в жабрах пресноводной рыбы регулирование pH, выделение CO₂ и аммиака взаимосвязаны. В кислых водах, где рыба может испытывать трудности с регулированием pH, если он падает слишком низко, гемоглобин может быть не в состоянии поглощать кислород. Считается, что электронейтральный обмен NH₄⁺ ~ Na⁺, HCO₃⁻ ~ Cl⁻ и H⁺ ~ Na⁺ осуществляется ионными насосами на внешней мембране жабры; молекулы белков-ферментов находятся в липидной мембране. Наиболее важным из этих ионных насосов является Na⁺ ~ K⁺ АТФаза, которая выводит натрий из клеток и забирает калий. Она активна на внутренней стороне жаберного эпителия, транспортируя соль в кровь (рис. 1.18).
В морской воде функция жабр должна быть обращена вспять, так что вместо поглощения соли происходит ее выведение. Транспорт соли через жаберный эпителий, по-видимому, происходит в основном в хлоридных клетках, расположенных у основания вторичных ламелей жабр. Эти клетки находятся в контакте с кровью на внутренней стороне и c водой на внешней стороне. На внешней стороне каждой клетки находится апикальная ямка, в которую выделяется соль. Внутренняя сторона перфорирована трубчатой системой, которая соединяется с кровью и разветвляется по всей клетке, заполненной митохондриями. Митохондрии потребляют кислород и вырабатывают аденозинтрифосфат (АТФ) для обеспечения энергией солевого насоса, Na⁺ ~ K⁺ АТФазы. Точный принцип действия до конца не изучен, но натрий выкачивается из клетки в канальцевую систему, создавая очень высокую концентрацию ионов Na⁺. Там, где канальцевая система проходит близко к апикальной ямке, натрий диффундирует из канальцевой системы в апикальную ямку и затем в окружающую воду. Хлорид следует за ним в процессе котранспорта, который до конца не изучен. Транспорт соли - энергозатратный процесс, и концентрация митохондрий в хлоридных клетках больше, чем в любых других клетках тела рыбы (рис. 1.19).