После того, как молодь лосося освоится на корме, ее называют мальками. При благоприятных условиях, начиная с начального веса примерно 0,2 г, рост происходит быстро. Вода в резервуаре поднимается на полную глубину, что автоматически увеличивает объем воды и, следовательно, снижает плотность зарыбления (выраженную как общая биомасса рыбы в kgsm⁻³).
Потоки воды устанавливаются таким образом, чтобы обеспечить хороший эффект промывки и создать течение, позволяющее рыбе удерживаться на месте без чрезмерных усилий. Об этом лучше всего судить, потратив некоторое время на наблюдение за поведением рыбы. Уровень кислорода поддерживается (минимальный уровень 7 мг*л⁻¹ на выходе), либо путем регулирования пропускной способности воды, либо путем добавления кислорода, и обеспечивается 24-часовое освещение для максимального роста.
Кормление должно быть непрерывным с помощью автоматической кормушки, при этом норма кормления определяется частично по таблицам кормления и по наблюдению за отходами пищи. В больших аквариумах рекомендуется использовать как минимум две кормушки для лучшего распределения корма и обеспечения возможности кормления всех рыб. Визуальные наблюдения за поведением кормушек должны проводиться через регулярные промежутки времени в течение дня, чтобы можно было внести необходимые коррективы.
Гигиена должна поддерживаться путем ежедневного удаления погибших особей, промывки для удаления отходов жизнедеятельности и регулярной очистки экранов и поверхностей аквариума. Необходимо регулярно проверять состояние здоровья, особенно на наличие эктопаразитов, таких как Costia, уделяя особое внимание жабрам. Ранняя диагностика и своевременное лечение значительно уменьшат вероятность потерь.
Во всех популяциях рыбы растут с разной скоростью, поэтому относительно скоро после первого кормления становится очевидным различие в размерах мальков. Если ничего не предпринимать, то доминирующая рыба будет становиться крупнее за счет более мелкой. Эту ситуацию можно исправить с помощью регулярной сортировки, которую можно начинать, когда мальки достигают размера 1-2 г. Градация достигается путем размещения рыбы на решетках с определенным расстоянием между прутьями, что позволяет мелкой рыбе проваливаться, в то время как крупная рыба удерживается наверху. Сортировщики могут представлять собой простые ящики со сменными решетками или автоматические сортировочные машины, которые могут сортировать три-четыре размера одновременно. В некоторых крупных инкубаториях имеются станции сортировки, на которые рыба поступает из резервуаров, проходит через автоматический сортировщик, взвешивается, а затем различные сорта перекачиваются обратно в определенные резервуары. Сортировка должна проводиться так часто, как это практически возможно, чтобы сохранить каждую популяцию как можно более однородной. Это обеспечивает более высокий общий темп роста, уменьшает повреждения плавников, устраняет каннибализм, позволяет лучше управлять кормами и в совокупности повышает общий процент молоди. Однако, следует избегать проведения сортировки в период высокой температуры, поскольку обработка может вызвать у рыбы излишний стресс, а любые повреждения кожи могут привести к грибковым инфекциям. Окончательная оценка обычно проводится после вакцинации молоди. В это время любая рыба, не достигшая требуемого размера, может быть отбракована. Эти рыбы не представляют особой ценности и обычно уничтожаются под сильным наркозом. Поскольку мальки быстро растут, биомасса в аквариуме также быстро увеличивается, поэтому необходимо тщательно следить за тем, чтобы плотность зарыбления не стала слишком высокой. Это достигается путем пробного взвешивания партий рыбы каждую неделю. Взвешивание образцов также позволяет рассчитать норму кормления и определить, когда целесообразно перейти на корм большего размера.
Переход на более крупный корм должен осуществляться в течение недели, чтобы мелкие рыбы в популяции были обеспечены кормом. Что касается плотности зарыбления, то традиционно максимальным показателем для мальков и молодого лосося считалось 30 kgsm⁻³, однако в современных инкубаториях, где условия окружающей среды можно полностью контролировать, этот показатель, как правило, намного выше, чтобы оптимизировать использование помещений. Обычная цифра - 60 kgsm⁻³, а в некоторых случаях плотность может превышать 100 kgsm⁻³. Однако, следует учитывать, что, хотя рыба выживает и может хорошо расти при таких высоких плотностях (при условии, что её можно адекватно кормить), состояние плавников может пострадать, а вспышки болезней могут иметь катастрофические последствия. Решение о плотности может быть принято в зависимости от требований заказчика к качеству смолта.
Существует выбор помещений для содержания мальков и молодого лосося. При размере около 2 г мальков можно переводить из аквариумов в пресноводные загоны. В Шотландии и северных районах Европы перевод обычно происходит в мае и часто осуществляется с помощью вертолетов, что позволяет использовать труднодоступные озера. Озерная культура молоди имеет свои преимущества, включая большие объемы воды и хорошие температуры для выращивания, особенно зимой. Нередко выращенные в клетках молоди достигают веса более 100 г при пересадке. Мальков можно выращивать до молоди в больших аквариумах (диаметром 3-7 м). Для производства S0+ мальков выращивают при круглосуточном освещении до достижения ими длины 8 см в летний период, после чего им устраивают искусственную зиму с коротким днем, чтобы спровоцировать осеннее размножение. Для производства S1+ мальки и парры (молодой лосось) выращиваются при круглосуточном освещении до конца сентября, после чего им предоставляется естественное освещение до конца пресноводного цикла. Эти рыбы будут готовы к смолту весной.