Во время смолтификации происходит несколько морфологических или физических изменений. Наиболее очевидным признаком является серебрение рыбы, которое возникает в результате отложения кристаллических пуринов, гуанина и гипоксантина в эпидермальных слоях, покрывающих следы от парра, которые остаются в более глубоких слоях кожи. Сама чешуя в этот период также становится очень рыхлой. Хотя это серебристое окрашивание не гарантирует, что произошла смолтификация, отсутствие таких изменений является твердым признаком того, что рыба не перешла на стадию косяка.
В то же время, во время трансформации парр/смолт, плавники становятся более светлыми по окраске и более прозрачными с более темными, черными краями. Была разработана визуальная шкала стадии смолтификации, которая может быть полезным инструментом в сочетании с другими оценками при наблюдении за прогрессом рыбы в процессе смолтификации. Используя следующий перечень, рыбе присваивается значение по шкале от l (парр лосося) до 6 (обладает всеми внешними, морфологическими, признаками смолтификации) (см. таблицу 3.6). Если используется эта схема категоризации, оценки должны проводиться на репрезентативной выборке (минимум n= 100) и на регулярной, постоянной основе, начиная с зимы и заканчивая завершением формирования молоди. Это позволит проследить последовательное развитие рыбы от малька до косяка. В связи с относительно субъективным характером этой оценки желательно, чтобы текущие оценки проводили одни и те же операторы, а также чтобы в течение всего периода использовались одни и те же условия освещения и другие условия. Естественный (наружный) свет гораздо более показателен, чем большинство источников света в помещении при проведении этой процедуры.
Общая форма тела изменяется во время смолтификации, при этом она становится более длинной, стройной и плавниковой. Эти изменения формы тела вызваны главным образом потерей и реструктуризацией жировой ткани внутри тела, а у некоторых лососевых - непропорционально большим ростом хвостового отдела. В совокупности эти последние физические изменения приводят к тому, что рыба становится более тощей, увеличивается ее длина и, как следствие, уменьшается отношение веса к длине, выражаемое коэффициентом кондиции (К). Таким образом, в это время обычно наблюдается снижение средних значений K для запасов (см. Рисунок 3.4).