Качество и поток воды имеют решающее значение для оптимального развития и выживания особей. В целом, насыщение кислородом (O₂) приточной воды должно быть на уровне или около 100%, а содержание O₂ в сточной воде не должно опускаться ниже критического уровня ок.7 мг/л⁻¹ или 80% насыщения, в зависимости от того, что наступит раньше. Особое внимание следует уделить регулировке скорости и режима потока, чтобы не было "мертвых зон" с низким содержанием кислорода, что может привести к локальной гибели. Уровень взвешенных твердых частиц (особенно мелких твердых частиц) в воде для выращивания оказывает двойное воздействие на развивающиеся икринки, поскольку этот материал может препятствовать поглощению кислорода через мембрану и в конечном итоге может привести к удушью икринки; кроме того, высокая органическая нагрузка подразумевает более высокую биологическую потребность в кислороде (БПК) и большее использование кислорода в блоке выращивания. В установках, где в воде присутствуют твердые частицы, необходимо ежедневно применять очень эффективный режим промывки, чтобы обеспечить удаление всех осевших отложений. Скорость потока воды должна быть установлена на желаемом уровне и регулярно проверяться. Стандартные системы корыт/лотков требуют примерно 121 мин на четыре корыта/лотка, рассчитанные примерно на 20 000 икринок (примерно 0,51/мин/5000 [1л] икры). Чрезмерный поток воды через устройство вызывает повышенное механическое перемешивание и, как следствие, гибель икринок.
Температура воды чрезвычайно важна и должна поддерживаться в определенном диапазоне, как правило, 8-10°C для лосося: скорость развития зависит от температуры, и процесс развития икры выражается в градусо-днях (°C / дни). Градусо-дни рассчитываются как сумма средних (максимальных и минимальных) дневных температур. За пределами оптимального диапазона развитие замедляется при более низких температурах до 4°C, а при более низких температурах развитие может прекратиться. При более высоких температурах, по некоторым данным, могут возникать деформации, а значения выше 16°C могут привести к прямой гибели.
Очевидно, что в пределах оптимального диапазона и вокруг него развитие будет задерживаться в нижней части и усиливаться в верхней. Например, время, необходимое для достижения стадии глазка (250-300°C дней) и стадии вылупления (475-500°C дней) при 7°C составляет 43 и 68 дней соответственно, но это время сокращается до 30 и 47 дней при 10°C. Другим важным фактором является изменчивость температурного режима, поскольку стабильный режим обеспечивает синхронность вылупления. Если существуют временные (ежедневные или еженедельные) колебания температуры, то будет наблюдаться дифференцированное развитие среди отдельных икринок, и развитие будет изменяться в течение партии икры. Таким образом, будет обеспечена большая предсказуемость и, возможно, большая эффективность и использование ресурсов за счет относительно стабильной температурной среды.
Ускоренное развитие икринок и раннее вылупление также приводит к появлению молоди/мальков в самом начале сезона, что дает больше времени для роста и получения косяков большего размера на стадии пресной воды (более подробно этот вопрос рассматривается ниже).
Окружающие пресноводные источники (речные и озерные) обычно имеют тенденцию к изменчивым условиям весной в период инкубации икры, со значительными колебаниями температуры. Быстрые и сильные колебания температуры воды не переносятся икринками, что может привести к гибели или отеку (впитывание воды в желточный мешок, приводящее к его растяжению) развивающегося эмбриона. Чтобы обеспечить стабильные условия качества воды, обычно в такие установки подается подогретая, очищенная, отфильтрованная вода: определенной температуры, без твердых частиц и с достаточным количеством кислорода. Очень часто в качестве источника питания на этапе инкубации используются стабильно холодные (>5 и <10°C) подземные источники. При использовании таких родниковых источников необходимо также убедиться в отсутствии загрязнений тяжелыми металлами (например, железом и цинком) или повышенного давления газов, особенно азота и углекислого газа. При перенасыщении газом среды выращивания избыток газов может поглощаться икринкой, что приводит к газопузырьковой болезни, характеризующейся появлением газовых эмболов в различных тканях. В идеале все инкубатории, особенно те, в которых используются грунтовые воды, должны иметь систему дегазации, чтобы обеспечить выравнивание уровня газов с атмосферным.
Здоровые икринки сохраняют оранжево-красный цвет, но после заражения или гибели белки становятся непрозрачными, беловатого цвета, и их можно легко определить. Наиболее часто встречающимся заболеванием является грибок Saprolegnia, который может быстро прогрессировать, если его не контролировать. Необходимо регулярно следить за инкубационным отделением и удалять зараженные или мертвые икринки вручную (пинцетом или отсасывающими пипетками). Полезной практикой содержания является использование ручных фонарей (в красном/желтом цветовом диапазоне) с низким напряжением питания при наблюдении и сборе икринок в этой фазе. Кроме того, обычно икринки регулярно обрабатывают подходящим фунгицидом через проточную воду или путем окунания для защиты от потенциальных болезней. Любые поврежденные, зараженные или некондиционные икринки следует немедленно удалять. Однако удаление мертвых икринок может привести к саморазрушению, поскольку повреждение здоровых икринок может вызвать дальнейшую смертность, особенно в чувствительные периоды развития. Необходимо соблюдать осторожность, чтобы не потревожить здоровые икринки, и, возможно, лучше ограничить удаление мертвых икринок более чувствительными периодами развития. Невозможно удалить мертвые икринки из инкубаторов цилиндрического типа.
Секрет успеха в этой первой фазе цикла, по-видимому, заключается в обеспечении стабильной водной среды для выращивания при тщательном постоянном мониторинге, а не в зависимости от условий окружающей среды при резком вмешательстве. Как минимум, фермер должен отбирать икринки и промывать лотки, а также проверять состояние икринок, поток воды, концентрацию кислорода и температуру два раза в день (утром и днем). Оптимальные условия и требования к качеству воды для успешного выращивания икринок перечислены в таблицах 3.2 и 3. 3.