Для предотвращения распространения болезней между фермами, важно убедиться, что маточный лосось и, следовательно, икра, которую он производит, свободны от определенных заболеваний. Действительно, согласно законодательству ЕС, все фермы с маточным поголовьем должны инспектироваться не реже одного раза в год и проверяться на вирусную геморрагическую септицемию (ВГС) и инфекционный гематопоэтический некроз (ИГН) не реже одного раза в два года. Согласно законодательству Великобритании, если ИГН присутствует на участке, то все маточное поголовье должно быть проверено, а икринки от положительных рыб уничтожены. Для внутреннего использования икры (Великобритания) тестирующий орган рекомендует проводить тестирование на местные патогены, которые могут передаваться вертикально (внутри икры), т.е. IPN и BKD. Для экспорта тесты должны соответствовать требованиям страны-импортера. Например, Чили требует сертификации на перечень заболеваний, включая VHS, IHN, эпизоотический гематопоэтический некроз (EHN), инфекционную анемию лосося (ISA), IPN, BKD и риккетсиальный синдром лосося (SRS). Некоторые из них (VHS, IHN и EHN) могут быть сертифицированы как "свобода как территория" без тестирования.
Любой, кто приступает к реализации программы по разведению мальков, должен на ранней стадии связаться со своим регулирующим органом для обсуждения соответствующего режима тестирования. Затем, может быть согласована программа, в рамках которой отбор проб и тестирование маточного поголовья будут проводиться на протяжении всей его жизни, вплоть до момента нереста. Как для добровольной сертификации Великобритании, так и для экспорта необходимо протестировать не менее 150 рыб или всю рыбу, если на участке менее 150. Однако, в некоторых ситуациях все маточное поголовье должно быть проверено на определенные заболевания. Для добровольной сертификации тесты может проводить любой компетентный человек, тогда как для обязательных целей и экспорта их должен проводить инспектор (в случае Шотландии - из морской лаборатории FRS). Для сертификации на экспорт, в случае ISA и BKD, элемент тестирования включает визуальный осмотр, который должен проводиться инспектором морской лаборатории или под наблюдением ветеринарного врача. Для IPN и SRS часть проб должна быть взята инспектором, но если тестируется 100% рыбы, фермер может провести большую часть отбора проб. Консультации и обучение технике отбора проб можно получить у сотрудников Морской лаборатории FRS в Абердине.
Во время нереста приоритетом в отношении маточного стада является получение икры максимально возможного качества. Ничто не должно ставить под угрозу достижение этой цели. Однако, проверка здоровья также важна и должна быть проведена правильно. Поэтому, необходимо, чтобы эти две операции проходили гладко и без ущерба друг для друга.
Хорошее планирование имеет большое значение. В ситуациях, когда тестируется все маточное поголовье, важно маркировать отдельных рыб, которые могут быть сопоставлены с партиями икры. Если партии икры инкубируются отдельно друг от друга, то в случае положительного теста у одной рыбы, икринки от этой рыбы могут быть идентифицированы и уничтожены без ущерба для остальных. Поскольку все результаты тестов доступны в течение четырех недель, они становятся известны фермеру до того, как икра будет заложена на инкубацию или отправлена на другие фермы.